巴西龟是世界自然保护联盟公布的世界最危险的100个入侵物种之一，也是世界环境组织认定的最具破坏性的物种之一。中国等多个国家已将其列为危险性外来入侵物种。

其威胁有以下几点：

在中国本土没有天敌，破坏生态平衡。嘴巴的咬合力、头型，都比本土龟，例如中华花龟更加适合野外生存、抢食。食量大，会吃掉大量鱼虾，会因大量掠夺同类生存资源，使其他本土龟绝迹。有巴西龟的出现的地域，几乎无一例外地使其他本土龟类数量变少。

繁殖能力超强，巴西龟两岁就有繁殖力，而本土龟到七八岁才开始性成熟。等本土龟长大，巴西龟早已是子孙满堂。巴西龟在本土大量繁殖，就会逐渐抢占草龟的生活环境。时间久了，巴西龟越来越多，本土龟越来越少，最后灭绝。

巴西龟若和本土龟杂交，会污染本土龟类的基因。杂交品种在以后的繁殖中会产生新的变异，大大增强它的入侵能力。

咬合力虽然不如鳄龟，但与本土的中华花龟、乌龟相比还是超强的，在野外争食中会伤害本土龟。

例如，在湖北梁子湖，每年农历4月8日是民间放生节，这时会有不少人到湖中放生龟类。在运输的过程中，咬合力强的巴西龟与本土龟混放在一起，凶猛的巴西龟向本土龟发起攻击，引发龟类大战，最终不少本土龟受伤。大量受伤本土龟被放到湖中后，伤口感染溃疡，长出白毛，形成水霉病，他们爬上岸后因感染较重死亡。

还传播沙门氏杆菌。养殖龟类的85%携带副伤寒类沙门氏杆菌，尤其是幼龟。该病菌会同时出现在带病龟的粪便以及其生活的水域和岸边的土壤中，并且被证明可以从变温动物传播给恒温动物，可在鸟类和兽类中传播。

美国每年大约有100万至300万人感染此病菌，其中14%的病例由龟类传染。

宠物弃养、宗教放生、养殖逃逸以及误把巴西龟作为珍稀濒危野生动物放生到保护区等是导致该物种在野外普遍泛滥的重要原因。

公众最好不要购买巴西龟作为宠物饲养，如果购买了巴西龟，不要随意丢弃、放生和放置在野外环境中，以减少这些外来物种对野生环境的危害。